19 мая 1918 г. Вернадский по приглашению группы украинских ученых во главе с историком Н.В. Василенко приехал из Полтавы в Киев для организации на Украине Академии наук. Ранее Вернадский занимался усовершенствованием академических учреждений в стране, улучшением постановки высшего образования в России, изучением опыта работы зарубежных академий, — поэтому его знания и опыт оказались как раз кстати при организации Академии наук на Украине.
М.П. Василенко и В.И. Вернадский, а за ними и Комиссия по разработке законопроекта об Украинской Академии наук, не считали нужным ограничиться лишь тем, чтобы присвоить статус Академии наук Украинскому Научному обществу, считая, что если бы уже выдалась возможность организовать академический центр в Украине, то это следует сделать, использовав весь мировой опыт организации науки. В.И. Вернадский считал, что, кроме тех направлений исследований, которые эффективно развивало Украинское Научное общество, прежде всего исследование национальной культуры, в Академии наук должны быть должным образом представлены фундаментальные и прикладные науки как основа для развития производительных сил Украины, а также социально-экономические дисциплины для усовершенствования политико-правовой основы государства и рационализации ведения народного хозяйства.
В.И. Вернадский выходил из того, что Академия наук, которая создается в ХХ ст., не может строиться за уставами и типами старых академий. При ее создании нужно руководствоваться не уставами, а тенденциями деятельности научных содружеств. Он указал на необходимость признания украинской Академии наук Международным союзом академий, а также обрисовывал ее роль и значение прежде всего в деле изучения и подъема производственных сил Украины. Опыт свидетельствует, подчеркивал В.И. Вернадский на открытии работы Комиссии для разработки законопроекта об организaции Украинской АН, что Украинская Академия наук не может быть построена по образцу тех академий, где большинство ученых – это ученые-любители. Она должна формироваться из ученых-профессионалов, которые получают средства от государства и которые отдаются исследовательской работе как основному делу своей жизни, признанному государственно важной [1, с. 121]. Таким образом, это должна быть Академия нового типа.
Вернадский считал, что Академия должна удовлетворять потребности народа: «Необходимо, чтобы будущая Академия была соединена теснейшим образом с обычными вопросами практической жизни, ее потребностями в самом широком смысле этого слова, чтобы значение ее было ясно всему населению, всей Украине. Я придаю этой стороне жизни Академии огромное значение. Она должна в своей деятельности отзываться на все нужды и потребности населения, требующие научной помощи и научного освещения. Пульс ее жизни должен биться совместно с духовными и материальными запросами населения, поскольку этим вопросам может помочь научное знание и научная мысль».[2, c. 252]
9 июля 1918 г. Вернадский выступил при открытии Комиссии по созданию Украинской Академии наук о проекте ее устава. Устав предусматривал деление Украинской Академии наук на три отдела: первый — историко-филологических наук, второй — физико-математических наук и третий — социальных наук [3, c. 121]. Задачами первого отдела являлись научное изучение своего народа, его истории, языка, письменности и словесности, фольклора и быта, археологии, искусства и музыки, географии, природы, естественных богатств, экономических и социальных условий жизни и т. п. Задачами второго отдела было развитие естественных, математических, физических, химических наук. Задачами третьего отдела было развитие юридических и экономических наук, в том числе решение задач прикладного характера, связанных с экономикой Украины.
При организации второго отдела Вернадскому пришлось преодолеть противодействие тех ученых, которые считали, что по историческим причинам украинская наука должна развиваться под знаком филологии, ведущим направлением Украинской Академии наук должно быть историко-филологическое. Во второй отдел Вернадский включил прикладное естествознание, объединяющее отрасли знания, связанные с техникой, промышленностью, сельским, лесным и водным хозяйством. В этом же отделе создавались Институт прикладной механики, Геодезический институт, Физический институт, Ботанический и Акклиматизационный сады.
Энциклопедизм Вернадского позволял ему активно участвовать в обсуждении естественных, технических и гуманитарных вопросов. Рассматривались перспективы создания Института экспериментальной медицины, антропологического и этнографического музеев, Совета национальных музеев Украины.
Будучи основоположником генетической минералогии, Вернадский принял меры для развития этой науки на Украине. Украина в геологическом отношении никогда не изучалась. Небольшие университетские коллекции не отражали минералогическое богатство Украины. Так что становление украинской минералогии и геологии было важным как для науки, так и для экономики, для развития и использования производительных сил. Он выступил с идеей создания Минералогического музея: «При его основании должно быть принято во внимание неизбежное расширение и усиление его работы в связи с прогрессом научного знания» [4, c. 223]. Минералогический музей должен был состоять из двух учреждений: собственно Музея и Научно-исследовательского института.
Занимаясь организацией Украинской Академии наук, Вернадский большое внимание уделял также экспериментальным работам по живому веществу.
Высшее положение в руководстве Украинской Академией наук отводилось Общему собранию. При нем предполагалось существование отдельных институтов и комиссий. 27 ноября 1918 г. состоялось первое организационное Общее собрание Украинской Академии наук, — на нем Вернадский был избран президентом Украинской Академии наук.
За неполный 1919 г. в трех отделах Академии были организованы 26 научно-исследовательских кафедр, 15 комиссий, несколько комитетов, зоологический кабинет, библиотека, основано три института. Вернадский писал: «Дружно и энергично пошла созидательная работа новой Академии наук. Планов было много. Мы чувствовали, что делаем большое дело как в жизни Украины, так и в жизни России. Я сейчас же начал создавать экспедиционную базу по геохимии и биохимии, на которой мы после приезда в Киев все время неуклонно работали». В различных лабораториях и институтах развертывалась интересная экспериментальная работа, о которой Вернадский писал: «Сейчас идет изучение флоры, фауны, минералогии Украины, сданы в печать работы о белом и сером угле Украины, заканчивается и частично сдана в печать работа по ее гидрологии, полезным ископаемым, строительным материалам, подготавливаются научные словари украинско-русский и русско-украинский, исторический словарь украинского языка, издаются памятники исторические и историко-юридические, организуются музеи и гербарии, изучаются свойства донецких углей и т. п. Работа находится в полном разгаре. Новый научный центр создан» .
Руководимая Вернадским Комиссия высших учебных заведений и научных учреждений Украины решала две главные задачи: расширение сети высших учебных заведений на Украине и содействие деятельности научных обществ. На ее заседаниях рассматривались вопросы открытия университетов в Каменец-Подольске, в Крыму (филиал Киевского), Полтаве (юридический и историко-филологический факультеты), в Киеве (Украинский государственный), а также институтов: фармацевтического и ветеринарного в Харькове, Археологического и Политехникума в Одессе, Географического, Внешкольного образования и Высшей академии учительских знаний; были приняты решения об открытии четырех кафедр украиноведения в Харьковском и Новороссийском (Одесском) университетах, о преобразовании Высших женских курсов в институты и университеты, о превращении военно-фельдшерских школ в средние учебные заведения, о преобразовании Нежинского историко-филологического института. Рассматривался вопрос о Николаевском отделении Пулковской обсерватории Российской Академии наук, которая испытывала потребность в дополнительном кадровом и материально-техническом обеспечении. Научно-организационная деятельность поглощала все время Вернадского. Но он успевал еще и читать курс геохимии в университете, ежемесячно прочитывал не менее 10 новых крупных книг, разрабатывал программы экспериментальных работ во вновь организуемых лабораториях.
Условия для работы ученых в городе были напряженные: только в течение 1919 г. в Киеве пять раз менялась власть. Особенно тяжелым был период оккупации города деникинскими войсками: их трехмесячное хозяйничанье в городе сопровождалось репрессиями, многие помещения были отняты у Академии, лабораторные базы разгромлены. Вернадский и ряд киевских ученых предприняли большие усилия для спасения Академии. 16 декабря Киев был освобожден, жизнь постепенно входила в нормальное русло.
Большое значение для развития науки и культуры в Украине имеет деятельность Вернадского по созданию библиотеки Академии наук. Как председатель Временного комитета, он сосредоточился на составлении Устава библиотеки и практической деятельности по его реализации. Наряду с множеством других вопросов Вернадский основное внимание уделял комплектованию библиотеки книгами. Он добивался для библиотеки законодательного права на получение обязательных экземпляров всех типографских изданий. Используя официальные и личные связи, Вернадский организовал передачу академической библиотеке частных и общественных книжных собраний, закупку старопечатных книг у букинистов и антикваров. Так, при непосредственном участии Вернадского в фонд академической библиотеки попало наиболее значительное отечественное книжное собрание академика В.С.Иконникова (17 тыс. томов и 3 тыс. брошюр). Тем самым была предотвращена его продажа за рубеж. Достоянием национальной научной библиотеки стали и ценнейшие книжные и рукописные со¬брания бывшей Киевской духовной академии (на основе которой была создана библиотека XVII- XVIII вв. знаменитой Киево-Могилянской Академии), в том числе и рукописные учебные курсы по философии, этике, риторике, логике, психологии, математике и другим предметам. Передача этой ценнейшей исторической реликвии академической библио¬теке позволила сохранить как ее саму, так и великий архитектурный памятник XVIII века - здание Киево-Могилянской Академии [2, c. 3].
Вернадский заложил прочные основания Украинской академии наук, президентом которой он оставался только до 1921 года, но дружеские и творческие связи с украинскими учеными он сохранял всю жизнь.