Обработка медицинских изображений, как необходимый инструментарий медицинского диагностического процесса
Автор: Авшаров Е.М., Абгарян М. Г., Сафарянц С.А.
Источник: http://www.course-as.ru/
Автор: Авшаров Е.М., Абгарян М. Г., Сафарянц С.А.
Источник: http://www.course-as.ru/
Авшаров Е.М., Абгарян М. Г., Сафарянц С.А. Обработка медицинских изображений, как необходимый инструментарий медицинского диагностического процесса. Обосновывается необходимость применения математической обработки медицинских изображений для прогресса в медицинском диагностическом процессе. Предлагается инструментарий, выполненный по технологии «конвейерная 2D обработка и визуализация реального времени», для работы с медицинскими изображениями. Представляются результаты «конвейерной 2D обработки медицинских изображений» в виде графического материала.
Ключевые слова: Обработка и визуализация медицинских изображений, диагностическая DICOM станция.
Развитие новых технологий и цифровой техники за последнее десятилетие привело к появлению большого количества новых методов диагностики и визуализации.
У врача-диагноста появились новые возможности целенаправленно воздействовать на процесс визуализации медицинского изображения для качественной диагностики.
Врачу, в зависимости от вида обследования, стало необходимо самостоятельно определять алгоритм обработки изображений, для этого ему необходимо предоставить инструментарий, позволяющий проводить такую обработку в минимально сжатые сроки.
Мощность современных процессоров персональных компьютеров и графических средств визуализации способно обеспечить практически любые запросы по обработке медицинских изображений, а инструментарием для диагностического процесса может служить рабочая станция с программно-аппаратным обеспечением обработки и визуализации медицинских DICOM изображений.
Понятие отношение «сигнал/шум» пришло в медицину из области радиотехники. Трансформация понятия «сигнал/шум» в область визуализации изображений, произошло с появлением телевизионных систем («снег» на экране, «зашумлённое» изображение…). Природа этих шумов остаётся в области преобразования электрических сигналов, а не в области формирования самого изображения. Существует разница между понятием «сигнал/шум», возникающим при преобразовании сигналов, с которым радиотехника и электроника научились справляться, и «сигнал/шум», возникающим при первичном формировании изображения.
С развитием диагностического медицинского оборудования понятие «сигнал/шум» перекочевало в область характеристик самого медицинского оборудования, т.к. сильное уменьшение величины «сигнал/шум» при получении первичного изображения серьезно усложняет диагностический процесс.
Методы получения медицинских радиологических изображений основаны на прохождении излучения через тело пациента, в котором одновременно с поглощением присутствует и всенаправленное отраженное излучение со всего объема, находящегося под воздействием излучения - характерно для всех физических методов получения первичных радиологических изображений.
В результате получается «истинное» изображение, на которое наложено «наведенное (артефактное) изображение», представляющее собой паразитный шум, размывающий «истинное» изображение. Этот паразитный шум необходимо минимизировать.
В последнее время медицинское диагностическое оборудование достигло огромной разрешающей способности источников первичных медицинских изображений:
- по количеству пикселей – более чем 32 миллионов пикселей (32 Mpix) на один кадр изображения, например в маммографии, объемом 64MB и более;
- по разрешению в пикселе – до 16385 градаций серого (14 бит), даже вплоть до 65536 градаций серого (16 бит).
Для динамических процессов, характерных для ангиографии, тенденция увеличения разрешения каждого кадра до формата 1024x1024 сопровождается увеличением скорости съёмки (до 60 кадров/секунду), что приводит к нелинейному увеличению объема каждой ангиографической серии, которая может достигать 1GB (1 гигабайт), при этом количество серий (проекций может достигать 10–15 и более). Ожидается увеличение разрешения ангиографической съемки до 2048x2048, что вызовет очередной рост объемов ангиографических исследований.
Серия спиральной компьютерной томографии, при стандартном разрешении кадра 512x512 пикселей, может иметь до 3-х -:- 4-х тысяч кадров, что выливается в 1.5–2 GB (гигабайт) информации.
Следует отметить, что увеличение разрешающей способности изображения в 2 раза приводит к уменьшению полезного сигнала в 4 раза, при тех же параметрах получения изображения, с одновременным ухудшением отношения «сигнал/шум» в пикселе в 4 раза.
Очень высокое пространственное разрешение медицинских изображений, например, изображения, полученные на сканере EOS фирмы «Biospace Med» могут достигать формата 16000х8000 (около 130 Mpix), приводит к тому, что просмотр изображения в масштабе 1:1, и даже 1:2, не имеет смысла, ввиду превалирования шума в пикселе над изображением, и никакие математические методы обработки при таком пространственном разрешении не могут обеспечить улучшения качества изображения.
Увеличение разрешающей способности изображений приводит к тому, что отношение «сигнал/шум» в высокоразрешающих изображениях становится значительно хуже в силу физических свойств, как датчиков, так и процесса излучения. Улучшение отношения «сигнал/шум» в высокоразрешающем изображении возможно только за счет применения специальных методов обработки с одновременным уменьшением разрешающей способности, что является компромиссом между увеличением разрешающей способности изображения и улучшением отношения «сигнал/шум».
Следует также иметь в виду, что разрешение изображения в пикселях и разрешающая способность этого же изображения в «пар линии на миллиметр» (lp/mm) – это совершенно разные понятия, которые связаны между собой через физический размер пикселя, например (теоретические величины):
- теоретическое разрешение маммографического изображения в 10 lp/mm соответствует размеру пикселя 50 микрон, что на изображении размером 24х30 см (10x12 inch) вытекает в кадр форматом 4800х6000 пикселей, а на изображении размером 18x24 см (8x10 inch) кадр имеет формат 3600х4800 пикселей, при этом желателен просмотр так же 4-х кадров маммографии одновременно.
- для изображения, получаемых с Digital Flat Panel размером 432х432 см (14х14 inch) форматом 2880x2880, размер пикселя составляет 150 микрон, а теоретическая разрешающая способность панели составляет около 3,3 lp/mm.
Необходимо понимать, что теоретическая разрешающая способность изображения недостижима из-за наличия «наведенного (артефактного) изображения», которое представляет собой паразитный шум, размывающий «истинное» изображение.
Результирующая (видимая) разрешающая способность необработанного исходного изображения, вследствие вышеуказанных причин, уменьшается на 20 -:- 40 %. В то же время «наведенное (артефактное) изображение», за счет последовательного применения нескольких математических функций обработки изображений, может быть частично, а иногда и в значительной мере, нивелировано.
Надо учитывать, что технология обработки зависит как от самого изображения, так и методов его получения, поэтому нельзя автоматически задать функции и параметры обработки, а необходимо, по отображаемому изображению, итерационно корректировать функции и параметры обработки, добиваясь качественной визуализации, необходимой для диагностического процесса. Предельная разрешающая способность результатов обработки в первую очередь зависит от отношения «сигнал/шум» исходных изображений.
Аналогичные задачи стоят и при создании образа печати из одного или нескольких изображений - как при печати на медицинских DICOM принтерах, так и при печати на профессиональных принтерах высокого разрешения.
Для трехмерной (3D) визуализации у подавляющего большинства фирм-разработчиков программного медицинского обеспечения, наработан огромный инструментарий для создания трёхмерных моделей исследуемых объектов.
Однако, для визуализации двухмерных (2D) изображений, не создано качественных инструментов обработки даже у ведущих производителей медицинской диагностической аппаратуры, что вынуждает врача больше догадываться, чем реально видеть диагноз на изображении.
Необходимо так же отличать обработку медицинского изображения для визуальной диагностики от специализированных расчетов в конкретных областях медицины. Инструментарий для расчетов обычно имеется как на современных аппаратах, так и на некоторых специализированных рабочих DICOM станциях, входящих в PACS систему.
Простым изменением яркости, контрастности и одним фильтром (в основном 8-ми битным), которые применяются в большинстве так называемых «DICOM Viewer», и даже на большинстве рабочих DICOM станций, задачи качественной визуализации решить принципиально невозможно.
Фундаментальным изданием по методам математической обработки изображений, в том числе медицинских, является монография Р. Гонсалеса и Р. Вудса «Цифровая обработка изображений». В монографии обработке медицинских изображений отводится одно из важнейших мест, наряду с такими дисциплинами как астрономия, физика и т.п.
Математические функции обработки изображений известны уже довольно давно, вопрос упирается в создание медицинской технологии – последовательности применения отдельных функций математической обработки изображений – для получения и визуализации диагностически значимых изображений.
На наш взгляд врачу-диагносту необходимо предоставить максимально возможный набор инструментов, который позволит реализовать последовательность прохождения изображения через несколько 16-ти битных 2D фильтров, несколько нелинейных 16-ти битных функций преобразования, через 16-ти битные функции изменения спектра изображений (гистограммы), специальных функций масштабирования и т.п.
Для максимального качественного нивелирования «наведенного (артефактного) изображения» необходимо построить адаптивный (настраиваемый) последовательный 16-ти битный конвейер обработки из разных математических функций (методов), реализующих технологию «2D Обработки и Визуализации Реального Времени».
Как показывает опыт авторов применение последовательности математических функций обработки позволяет повысить видимую разрешающую способность первичного изображения в 1.2-1.5 раза (в lp/mm).
Одновременно надо учитывать, что увеличение разрешающей способности приводит к нелинейному увеличению объемов вычислений, необходимых для качественной, диагностически значимой, визуализации, поэтому вопрос «реального времени» становится краеугольным для обеспечения скорости работы системы обработки и визуализации, как ответной реакции на изменение параметров функций обработки.
Врач должен чувствовать, что изменение параметров обработки, через минимальный промежуток времени, в лучшем случае нулевой, отражаются на изменении самого изображения – это и есть режим «реального времени».
Управление таким инструментарием должно находиться все время под рукой врача для работы в реальном времени – минимизация блуждания по меню, которое совершенно неоправданно отнимает рабочее время, со всеми вытекающими отсюда последствиями.
При этом на первый взгляд как бы происходит пресыщение интерфейса управления, но это компенсируется возможностью применения функций обработки, не характерных для стандартных методик визуализации, позволяющих создавать диагностически значимые изображения, например:
при двуэнергетической маммограмме, или двуэнергетической съемке легких, применение элементов субтракционной технологии позволяет нивелировать мягкие или плотные ткани органов на конечном изображении.
Глаз, как физиологический объект, не может различить более 256 градаций яркости в пикселях серого изображения. В изображениях с большим разрешением в пикселе все зависит от того, какой диапазон значений, с какими методами обработки будет преобразован в конечный диапазон 256 градаций яркости (8 бит), которые могут корректно отобразить современные профессиональные мониторы.
Современные профессиональные мониторы, работающие в полном цветовом RGB диапазоне, имеют встроенные в монитор средства калибровки - 12-ти битные (4096 шагов) LUT (Look Up Table) таблицы преобразования, для каждого цвета в отдельности. 12-ти битный LUT позволяет реализовать идеально линейное, для глаза человека, изменение яркости изображения от величины визуализируемых пикселей.
Обратите внимание, что внутренние LUT таблицы монохромных «медицинских» мониторов всего 10-ти битные (т.е. 1024 шагов). Применение монохромных «медицинских» мониторов было обусловлено необходимостью просмотра затемненных областей необработанного изображения, реализуемого за счет дополнительной DICOM LUT (10-ти битной) таблицы монохромного монитора и нелинейной функции преобразования, помещенной в DICOM LUT.
По техническим характеристикам матриц современные профессиональные цветные мониторы высокого разрешения превосходят монохромные «медицинские» мониторы, за исключением предельной яркости получаемых изображений (у монохромных мониторов она в 2 раза больше). На современном этапе развития нет необходимости в чрезмерном повышении яркости, по опыту авторов яркость профессиональных мониторов устанавливается на значении 50% (при контрастности 75%), а за счет математической обработки изображения и визуализации на мониторе во всем диапазоне видимости – в 256 градаций каждого цвета (или в 256 градациях серого), визуализация, даже самых затененных областей, не представляет трудностей.
1. Обработка медицинских изображений не есть рисование нового на изображении, как считают некоторые, а есть, основанная на математике, технология выявления внутренних скрытых элементов изображения, практически не видимых без обработки.
2. Обработка медицинских изображений не искажает исходные данные, а позволяет выявить тонкие структуры органов при разных видах исследований, специально визуализированные и усиленные для качественной визуальной диагностики.
3. Визуализация обработанных медицинских изображений является обязательным первым шагом, особенно при сложных патологиях, для достоверной диагностики.
4. Обработка медицинских изображений позволяет использовать профессиональные «DICOM Ready» LCD мониторы для качественной визуализации диагностического процесса при более низкой совокупной стоимости владения (TCO).
1.Гонсалес Р. Цифровая обработка изображений / Р. Гонсалес, Р. Вудс. – М: Техносфера, 2005. – 1072 с.
2.Авшаров Е. М. Графическая станция создания, хранения, конвертирования, обработки
и визуализации DICOM изображений и PDF документов – AS_GSV "Michelangelo"
(PACS "AS_VIMeN"), http://www.course-as.ru/download/pdf/AS_GSV-Michelangelo.pdf ,
2010, 71 стр.