Сбитнев Юрий – Установка системы MPI

Установка системы MPI на компьютерах кластера аналогична установки PVM, в том смысле, что установка сводится к компиляции системы из исходников. В вопросе выбора версии MPI вы можете чувствовать себя свободными и руководствоваться собственными пристрастиями. С моей точки зрения наиболее простыми в использовании являются пакеты MPICH и OpenMPI, которые в отличие от LAM/MPI не трубуют запуска дополнителных демонов и требуют минимальной настройки. Моя личная рекомендация – OpenMPI. Этот пакет в настоящее время активно развивается и имеет хорошую интеграцию с системами управления очередями и grid-системами. Кроме того пакет MPICH перестал развиваться с 2005 года.

Что же касается LAM/MPI, то этот пакет LAM/MPI является реализацией протокола, ориентированного на архитектуру параллельного компьютера, основанную на сети рабочих станций. Установка LAM/MPI требует немного меньше усилий, по сравнению с MPICH. Что касается программ, написанных с использованием стандарта передачи сообщений MPI, то они без изменения исходного кода будут одинаковым образом работать в среде обоих пакетов. Далее мы обсудим вопросы установки, администрирования и использования обоих пакетов.

Первым шагом в установке MPI является получение исходных кодов пакета. Взять исходники можно либо непосредственно на сайтах разработчиков: http://www.mcs.anl.gov/mpi/mpich/, http://www.lam-mpi.org/, либо в разделе Download этого сайта. Текущая версия пакета MPICH: 1.2.7p1, LAM/MPI: 7.1.3, OpenMPI: 1.3.3.

Получив архив mpich.tar.gz, lam-7.1.3.tar.gz или openmpi-1.3.3.tar.bz2, вы должны распаковать его в каком-либо каталоге вашей файловой системы и запустить скрипт конфигурации configure:

MPICH


./configure -with-arch=LINUX -with-device=ch_p4 -rsh=/usr/bin/ssh \
	--prefix=/usr/local/mpich-1.2.6/ch_p4

LAM/MPIH


./configure --prefix=/usr --with-rsh="/usr/bin/ssh -x"

OpenMPI


./configure --prefix=/usr

В параметрах скрипта configure вы определяете тип архитектуры машины (только для MPICH), на которой будет установлен пакет MPI (в данном случае LINUX) и путь к каталогу, в который пакет будет установлен (/usr/local/mpich-1.2.6/ch_p4 или /usr). Следует отметить, Что на всех узлах кластера вы должны установить MPI в один и тот же каталог. Будучи запущеным, скрипт configure обследует вашу операционую систему и подготовит пакет MPI к компиляции с учетом ее особенностей.

По умолчанию MPI использует rsh в качестве средства межузловых коммуникаций. Как уже прежде говорилось, по некоторым причинам предпочтительнее заменить rsh на более комфортный в администрировании ssh, обеспечив при этом беспарольный доступ к узлам кластера с консольной машины. Для этого при запуске скрипта configure мы используем параметр -rsh=/usr/bin/ssh для MPICH и --with-rsh="/usr/bin/ssh -x" для LAM/MPI. Если программа ssh находится в вашей системе в другом месте, то значение параметра -rsh или --with-rsh должно быть соответствующим образом изменено.

Как можно заметить, параемтр --prefix, определяющий каталог, куда будет установлен пакет, указывает для LAM/MPI на системную область, а для MPICH на отдельный каталог. Сделано это потому, что пакет MPICH по какой-то причине не поддерживает команду деинсталляции «make uninstall». В случае, когда вам по какой-то причине надо будет удалить из системы пакет MPICH, сделать это будет гораздо проще, когда он находится в каком-то одном своем каталоге, вместо того, чтобы долго и нудно вычищать системную область.

Следующим шагом является собственно компиляция и установка MPI. Выполняются эти действия последовательным запуском двух команд, одинаковых для обоих пакетов:

make
make install

Первая из команд компилирует пакет MPI, вторая – устанавливает пакет в систему, перемещая полученные на этапе компиляции бинарные и другие необходимые файлы в область файловой системы, определенную параметром --prefix команды configure.

На этом собственно установка системы MPI заканчивается.