Faculte: Technologie des ordinateurs et des automats
(TOA)
specialite:
Systeme informatique pour diagnostique medicale
(SIDM)
Theme: «Le developpement du systeme informatique specialise des images du sections histologiques» Encadreur:
Professeur. Ckobtsov Youri.Alexandrovitsh
A l'heure actuelle, les laboratoires medicaux ou on pousse la culture de cellules, se souleve l importance de prevoir la date de reception du document pret pour la transplantation. Cette necessite est souvent associee a des preparations complexes des patients a des operations, en raison des particularites il faut eviter la maturation des cellules en culture en dehors du temps d'incubation.
Ce methode est designe pour etudier la morphologie des echantillons de tissus obtenus a partir de selle, des endoscopies, ponctions, biopsies et des operations. La valeur diagnostique de ce methode permet de diagnostiquer les processus dystrophiques, inflammatoires, adapto-compensatoires et tumorales.
La presentation des resultats de l'etude. Les resultats de l'etude presentes dans un texte de protocole contenant une description du document technologie de traitement, des images microscopiques, la conclusion (formule conformement a la classification internationale des maladies), les observations complementaires (contient des mises a jour significatives de diagnostic a la conclusion) et des recommandations. Lors de l'utilisation des methodes bacteriologiques il est possible d identifier plusieurs agents responsables a des maladies infectieuses (helicobactaire, la tuberculose, etc.)
L'interpretation clinique des resultats de l'etude. En regle general , la conclusion doit avoir un caractere nosologique specifique. Dans certains cas (le manque de materiel, en precisant la necessite d'appliquer les etudes, etc) fournit une reponse descriptive indiquant la nature generale des processus pathologiques (inflammation, la dystrophie et autres) - dans ces cas une conclusion definitive n'est possible que sur la base de re-biopsie.
Indication d'utilisation du methode. Tous les echantillons de tissus obtenus au cours des diagnostiques invasives et therapeutiques , des operations et lors des manipulations curatives doivent etres explores morphologiquement. La verification morphologique des tumeurs similaires et les processus pre-tumeuraux, un certain nombre de maladies inflammatoires (hepatite, gastrite, etc), notamment et infectieuses (tuberculose, etc) est obligatoire.
Les objets en images medicales ont une grande complexite et multifactorielle, ce qui en fait des exigences elevees sur la fiabilite, l'exactitude et la fiabilite des resultats de la recherche. L’utilisation de la technologie informatique et des methodes mathematiques dans cette industrie, non seulement accelerer le traitement du document, mais egalement d'ameliorer la precision des resultats de l'etude.
Le developpement de l'electronique et les conditions de travail nuisibles stimule une attention accrue a l'analyse numerique de X-ray, des images echographiques et des images de resonance magnetique nucleaire, la principale realisation de ces objectifs peut etre consideree comme l'emergence de tomographie par ordinateur. Toutefois, des difficultes a obtenir des images de haute qualite de histologiques entraver de maniere significative le developpement de l'industrie.
L’automatisation de l’analyse histologique des structures accelere le diagnostic de la maladie, permet des recherches pour etendre les limites de la medecine scientifique. La mesure automatique des parametres histologiques une occasion de clarifier le traitement therapeutique et la gestion. Ainsi, la methode la plus prometteuse pour le diagnostic precoce de maladie maligne est actuellement l'automatisation de l’analyse photometrique des preparations histologiques specialement cuits et teints et leurs separation sur le principe norme - pathologie.
L'un des principaux elements de l'automatisation de la mesure optiques et geometriques des parametres est de fournir des installations sur les preparations histologiques. Ce resultat est obtenu en utilisant des methodes et des moyens de l'analyse des images numeriques.
La principale raison de l'absence d'automatisation dans l'histologie est la forte variabilite et les pauvres contraste de la majorite des structures histologiques.
Toutefois, le developpement rapide de la technologie numerique et analogique a recemment ouvert de nouvelles possibilites pour les developpeurs. Par exemple, l'augmentation de la vitesse de la technologie informatique permet l'utilisation du complexe, critique au moment d'algorithmes, et a laide de l’apparence d'une television couleur a capteurs haute resolution on peut recevoir et de traiter les images de couleur. Cette nouvelle possibilites techniques permet d’elargie la recherche, ouvrir de nouveaux moyens de resoudre les problemes lies a l'analyse d'image. Ce travail est consacre a une de ces taches - la segmentation de l'image des preparations histologiques.
Le but du projet: developper des algorithmes de segmentation afin de determiner les objets sur la histologiques des images faiblement contrastees en couleur et l'autre moitie a relever les defis de diagnostic de maladies.
L’atteinte de cet objectif exige:
-classer les objets histologiques par caracteristiques geometrique, topologique et optiques;
-developper des algorithmes de segmentation de cellules;
-developper des techniques de couleur de l’images des objets histologiques;
Cellule :
Le montant depasse la taille des cellules des tissus de cellules, qui a ete a l'origine de la croissance des tumeurs: les cellules peuvent etre des proportions gigantesques. Redimensionnement n'est pas un indicateur absolu - la taille des cellules ne peut etre change;
La taille des cellules normalement pour quelques micrometres 1 micron - 0001 mm), le plus petit-de 0,5 a 1,2 microns, ce qui rend inaccessibles a etudier l'?il nu.L’ouverture de l’etude des cellules est etroitement liee a l'invention et l'amelioration du microscope.
Changer la forme de cellules - ne sont pas pleinement compatibles avec peu ou un formulaire pour etre typique de cellules de tissus normaux. Le formulaire peut etre les plus bizarres;
On peut definir clairement le polymorphisme cellulaire, c'est-a-dire des cellules de differentes tailles et de formes;
Le changement du rapport nucleaires cytoplasmique et, en general, en faveur du noyau (en augmentant celui-ci);
• L'emergence de plusieurs cellules, avec des polymorphisme nucleaire;
• L’emplacement atypique du noyau;
• Dissociation du maturite dans le noyau et le cytoplasme (un noyau immature dans une cellule mature, un noyau de la cellule mature dans le cytoplasme).
L'analyse preliminaire des images conduit a la conclusion suivante:
•La majorite des images dans le processus de leur formation, ont ete influences par plusieurs facteurs negatifs conduisant a l’effasement du couleur, l’emergence du peu contrastees et des bruit parcelles, etc;
• la grande majorite des techniques est basees sur la repartition de l'image et sur une analyse plus approfondie.
Beaucoup de systemes ont un certain nombre de lacunes dont la chertee et de travailler relativement avec des simple image.
Le systeme doit s'acquitter de ces fonctions:
•faire entrer dans l'ordinateur les produits de l’imagerie, leur transformation et de l'edition la selection manuel et automatique d'objets interessants (noyaux de cellules, les parcelles de differentes couleurs ou la luminosite, etc) l’emplacement de quelques images et de leur comparaison attentive (par exemple pour definir la malignes).
• mesurer la taille, la forme, les dispositions des parametres optiques des objets ou des sites Selectionnes.
• la classification des objets et le profond traitement statistique des mesures avec la construction d'histogrammes, des diagrammes.
• la possibilite de mettre en place des techniques d'analyse automatique (macros), et leurs apporter des ajustements lors du changement de milieu de travail.
• maintenir une base de donnees pour l'imagerie et l'analyse.
Toute activite histologique a en commun l’action de voir (observer) et d’interpreter ce qui est vu.
Dans toute demarche d’ordre histologique, 4 etapes se succedent : a) le choix du materiel a etudier,
b) la technique permettant de visualiser les structures ou les phenomenes que l’on veut etudier,
c) la production d’images de ces structures ou de ces phenomenes, par des moyens optiques,
d) l’interpretation de ces images.
L’histologie moleculaire a pour but de visualiser in situ - dans les tissus, les cellules, leurs organites
ou la matrice extra-cellulaire (MEC) - des molecules (en particulier les genes, leurs ARN-messagers
et les proteines pour lesquelles ils codent), en determinant leur situation et leur configuration.
L’histologie moleculaire permet donc de decrire la morphologie cellulaire et tissulaire en termes
d’architecture et d’interactions moleculaires.
Le choix du materiel et les modalites de prelevement
Les methodes utilisees en histologie varient selon le materiel (echantillons ou specimens) a etudier
et les objectifs de l’examen (diagnostic histopathologique chez l’homme ou chez l’animal, ou protocole
de recherche).br
L’observation peut porter sur des preparations ou les cellules restent
entieres
• Des cellules vivantes peuvent etre observees entre lame et lamelle afin d’evaluer certaines de
leurs fonctions (par exemple, mobilite des spermatozoides, mesure de la frequence du battement
des cellules ciliees, chimiotactisme des granulocytes neutrophiles). L’examen microscopique
est parfois effectue apres adjonction de colorants vitaux qui permettent d’evaluer la
viabilite cellulaire (bleu trypan, nigrosine qui penetrent dans les cellules mortes), ou de mettre
en evidence des structures (rouge neutre visualisant les vacuoles de pinocytose).
• Les cultures cellulaires permettent de maintenir des cellules en survie et de les etudier
in vitro. Elles peuvent etre realisees a partir de fragments d’organe ou de cellules dissociees
par action enzymatique, cultivees en suspension ou sur un support auquel elles adherent. Ces
techniques sont largement utilisees en recherche mais aussi en diagnostic : ainsi, par exemple,
les caryotypes sont habituellement realises sur des cultures de lymphocytes sanguins ou de
cellules du liquide amniotique.
• Des cellules entieres fixees peuvent etre examinees sur des frottis (etalement de cellules sur
une lame de verre) pour l’etude des cellules sanguines et de celles de differents liquides de
l’organisme (comme, par exemple, le liquide cerebrospinal, du liquide articulaire, du liquide
d’epanchement pleural, du liquide d’ascite) ou sur des empreintes (cellules provenant d’un
fragment d’organe - un ganglion lymphatique par exemple - apposees sur une lame). Ces techniques
peuvent etre utilisees pour rechercher des cellules tumorales, comme c’est le cas pour
les frottis cervico-vaginaux de depistage des cancers du col de l’uterus.
Le plus souvent, le materiel est fixe, inclus, coupe et colore
Les cellules, associees dans des tissus, sont coupees afin de pouvoir les observer au microscope. Il
s’agit d’observer au microscope optique (MO) ou electronique (ME) des cellules, tissus, organes
ou fragments d’organe, voire des organismes entiers (embryons de souris par exemple) qu’une preparation
technique plus ou moins compliquee aura rendues suffisamment minces et transparents
pour etre observes et suffisamment contrastes pour y reconnaitre les divers elements constitutifs.
On peut distinguer l’etude des cellules isolees (« cytologie ») et celles des coupes de tissus ou d’organes
(« histologie »).
Les examens histologiques sont en regle realises apres traitement du materiel par des agents physiques
ou chimiques (fixateurs) qui tuent les cellules mais visent a preserver au maximum leurs caracteristiques
morphologiques et biochimiques.
• Le materiel est preleve de differentes facons. Le materiel histologique peut etre obtenu par
biopsie (directe comme pour la peau, le muscle ou avec endoscopie pour les organes des appareils
respiratoire, digestif, urinaire), par ponction a l’aiguille (comme pour les liquides
pleural, peritoneal, articulaire, pour les ganglions, les seins, la moelle osseuse). Le materiel
histologique peut aussi provenir d’une piece operatoire, d’une autopsie ou de la dissection
d’organe en experimentation animale.
• La microdissection permet d’intervenir sur un seul type cellulaire. L’utilisation de systemes
de microdissection utilisant un faisceau laser permet de recueillir des cellules dont les
proteines, les ARN et l’ADN sont intacts et susceptibles d’etre analyses a l’echelle d’une population cellulaire pure (par exemple constitution de banque d’ADN complementaires, etudede l’expression des genes).
Avant le prelevement, des protocoles experimentaux plus ou moins
sophistiques sont parfois mis en oeuvre
On peut utiliser des procedes classiques comme les excisions, les greffes, les tracages cellulaires.
On peut egalement faire appel a des manipulations genetiques.
Les organismes les plus utilises pour des manipulations genetiques sont les plantes, le ver nematode
Caenorhabditis Elegans, la mouche Drosophile et la souris. Les deux methodes les plus employees
pour analyser la fonction d’un gene in vivo sont : 1) la surexpression de ce gene (souris
transgeniques creees par injection directe du gene d’interet dans un oeuf feconde), 2) l’invalidation
de ce gene (souris « knockout »).
Ðèñ.1 - Procedures de base et des methodes de reconnaissance d'images (121 ÊÁ (124 664 áàéò))
Sont utilisees en routine pour visualiser les structures
Pour rendre visible ce que l’on veut observer, il est necessaire de mettre en oeuvre des techniques
diverses (preparation des echantillons) que l’on applique au materiel. Pour l’observation en MO ou
en ME, les coupes examinees sont le fruit de procedures techniques qui requierent plusieurs etapes
successives : fixation, inclusion, coupe, coloration, montage. a) Pour la MO : fixation au formol, inclusion en paraffine, colorations
standard (hemateine-eosine ou trichrome)
• La fixation a pour but la conservation des structures et le durcissement des pieces. Elle doit
se faire immediatement apres le prelevement, par immersion du materiel dans un grand volume
de liquide fixateur. Les liquides fixateurs les plus utilises sont le formol ou le liquide de
Bouin (melange de formol et d’acide picrique). La duree de la fixation varie selon le volume
des prelevements (de quelques heures pour un petit fragment biopsique a plusieurs semaines
pour un cerveau humain entier).
• L’inclusion a pour but de permettre la realisation de coupes fines et regulieres. Le milieu d’inclusion
le plus utilise est la paraffine. Comme la paraffine est hydrophobe, le prelevement doit
d’abord subir une deshydratation (par immersion dans des bains d’alcool de degre croissant
puis dans des bains de toluene) avant d’etre coule dans un moule contenant de la paraffine fondue
par chauffage et devenue liquide, qui infiltre alors toute la piece. Apres refroidissement,
on se trouve en presence d’un bloc de paraffine, dur, a l’interieur duquel la piece prelevee est
incluse. Dans certains cas, on utilise d’autres milieux d’inclusion (celloidine, resines plastiques,
etc.).
• Les coupes du bloc de paraffine sont faites avec un microtome permettant de realiser des tranches
de section (coupes) de 2 a 5 ?m d’epaisseur. Les coupes sont recueillies sur des lames
de verre.
Materiel et methodes de l’histologie medicale. Le concept de tissu
18/119 Histologie : les tissus - Andre, Catala, Morere, Escudier, Katsanis, Poirier 2007 - 2008
• Les colorations realisees sur lames, accentuent les contrastes pour mieux reconnaitre les differents
elements de la preparation. Comme les colorants sont en solution aqueuse, les coupes
doivent d’abord subir une rehydratation. Celle-ci est effectuee apres deparaffinage des coupes
(par la chaleur et des bains de toluene) en immergeant les lames dans des bains d’alcool de
degre decroissant puis dans l’eau distillee.
Les colorations de routine utilisent un (hemateine) ou deux colorants differents : l’Hemateine-
Eosine (H.E.) associe l’hemateine qui colore les noyaux en violet et l’eosine les cytoplasmes
en rose.
les colorations trichromiques usuelles sont l’Hemateine-Eosine-Safran (H.E.S.) par ajout de
safran colorant en jaune les fibres de collagene, et le trichrome de Masson (TM) qui associe
un colorant nucleaire (hematoxyline), un colorant cytoplasmique et un colorant bleu ou vert
colorant les fibres de collagene.
De nombreuses colorations speciales (dites signaletiques) permettent de visualiser differentes
structures ou composants des tissus (par exemple, les fibres de reticuline par des colorations
argentiques ou les fibres elastiques par l’orceine).
• Le montage. Apres avoir subi une deshydratation (par bains d’alcool de degre croissant puis
bains de toluene), les coupes colorees sont montees entre lame et lamelle avec une resine synthetique
dont l’indice de refraction est voisin de celui du verre. On dispose alors d’une
« preparation microscopique » (simplement appelee « lame » dans le langage courant) prete
a etre observee au MO. b) Pour la ME : fixation a la glutaraldehyde, post-fixation a l’acide
osmique, inclusion en epon, contraste par l’acetate d’uranyle et le citrate de
plomb
La technique dite « standard » de ME est analogue dans ses principes a celle de MO, mais les modalites
precises different.
• La fixation se fait habituellement dans de la glutaraldehyde tamponnee et est suivie d’une
post-fixation a l’acide osmique.
• L’inclusion se fait dans une resine synthetique type Epon ou Araldite, apres que les fragments
ont ete deshydrates dans les alcools et dans l’oxyde de propylene.
• Les coupes ultrafines des blocs sont realisees grace a un ultramicrotome qui permet d’obtenir
des coupes ultrafines d’environ 80 nm d’epaisseur. Les coupes sont recueillies sur des grilles
de cuivre. Avec le meme ultramicrotome, on peut faire des coupes semi-fines, observables en
MO et permettant de guider le choix des zones a etudier en ME.
• Le contraste des coupes s’effectue habituellement avec de l’acetate d’uranyle (contrastant les
nucleoproteines : noyau, nucleole, ribosomes) et des sels de plomb comme le citrate de plomb
(contrastant les membranes).
a) L’histochimie
Les techniques histochimiques sont basees sur des reactions biochimiques qui permettent de mettre
en evidence in situ, dans les cellules ou dans les tissus, differents constituants (lipides, glucides,
proteines, acides nucleiques, metaux, etc).
Par exemple, l’identification du glycogene, des proteoglycanes et des mucines dans la reaction de
Schiff (PAS) correspond a l’oxydation de certains polysaccharides par l’acide periodique, revelee
par une coloration rouge. b) L’histoenzymologie
La presence d’enzymes (phosphatases, par exemple) peut etre decelee par leur action sur un substrat
fourni au cours de la technique histoenzymologique, permettant d’obtenir un produit secondairement
revele par coloration. c) L’immunohistochimie
L’immunohistochimie (ou immunocytochimie) consiste a detecter dans les tissus ou les cellules,
le site de la liaison d’un anticorps specifique avec la proteine contre laquelle il est dirige.
Les anticorps specifiques sont polyclonaux ou monoclonaux
Les anticorps specifiques peuvent etre fabriques en injectant a plusieurs reprises un echantillon
de l’antigene (proteine a detecter) a un animal (le plus souvent, lapin ou chevre), et
en recueillant ensuite le serum riche en anticorps (antiserum). Cet antiserum contient differents
anticorps dits polyclonaux, produits par differents plasmocytes, reconnaissant divers
antigenes de la proteine d’interet.
Un anticorps monoclonal correspond a une population d’anticorps identiques diriges contre
le meme site antigenique d’une proteine. Ces anticorps sont produits en grande quantite en
culture par un clone de lymphocytes B selon la technique des hybridomes. Apres avoir immunise
une souris contre un antigene donne, on preleve dans sa rate des lymphocytes B.
Ceux-ci sont fusionnes avec des plasmocytes tumoraux immortalises. Apres selection, les
hybridomes ainsi obtenus sont une source permanente et stable d’un seul type d’anticorps
monoclonal. La specificite des anticorps monoclonaux est superieure a celle des serums polyclonaux,
mais leur sensibilite peut etre inferieure.
Les modes de revelation de la liaison antigene-anticorps sont nombreux
Il existe de nombreuses variantes techniques correspondant aux differents modes de revelation
de la liaison antigene-anticorps ou a des procedes permettant d’ameliorer la qualite
des resultats. Parmi ces derniers, l’utilisation d’un anticorps secondaire reagissant avec
l’anticorps primaire et/ou le demasquage de sites antigeniques grace a une digestion par une
enzyme proteolytique et/ou le chauffage des lames au four a micro-ondes. d) La lectinohistochimie
La lectinohistochimie (ou lectinocytochimie) repose sur l’utilisation de lectines, proteines d’origine
animale, vegetale ou bacterienne, capables de reconnaitre et de se lier a des copules hydrocarbonees
des composants cellulaires, notamment des sucres du cell-coat revetant les membranes
plasmiques. Les lectines sont specifiques d’un sucre donne. e) L’hybridation in situ
L’hybridation in situ (HIS) detecte et localise des sequences d’ADN ou d’ARN.
Elle utilise des sondes d’acides nucleiques qui mettent en evidence et localisent, dans des cellules
ou des tissus, des sequences d’acides nucleiques complementaires de la sonde par leurs bases.
L’HIS est un outil incomparable pour etudier l’expression des genes. Elle est proche, dans son principe,
des Southern et des Northern blots et repose, comme eux, sur l’hybridation d’une sonde d’acide
nucleique (ADN ou ARN) marquee dont la sequence est complementaire des acides nucleiques
que l’on cherche a identifier et a localiser. Alors que les Southern et Northern blot se font sur des
broyats de tissus, l’HIS s’effectue sur coupe histologique, apportant ainsi des informations precises
sur la localisation des acides nucleiques etudies. Les sondes utilisees sont le plus souvent de
l’ADN, un ARN-messager ou des oligonucleotides synthetiques. Le marquage des sondes peut etre
realise par des isotopes radio-actifs (« sondes chaudes » : tritium H3, phosphore P32 ou P33, soufre
S35). La revelation se fait par autoradiographie. Le comptage des grains d’argent sur les autoradiographies
permet une etude semi-quantitative. Le marquage des sondes peut egalement se faire
par des produits non radio-actifs (sondes dites « froides ») f) Les procedes de marquage, de revelation et d’observation
Qu’il s’agisse de l’anticorps utilise en immunohistochimie, de la lectine utilisee en lectinohistochimie
ou de la sonde utilisee en hybridation in situ, les procedes de marquage et de revelation
sont analogues.
Il faut produire une image de la preparation devenue observable, afin de pouvoir la regarder. La
production des images est liee a la mise en oeuvre de moyens optiques (loupes, microscopes) qui
augmentent le pouvoir separateur de l’oeil humain (0,2 mm environ) et permettent d’analyser des
structures tres petites. a)Les microscopes different par la nature de leur source lumineuse
Le microscope optique (ou photonique), le plus courant, utilise la lumiere visible.
La lumiere peut etre remplacee par une autre source lumineuse : rayons ultraviolets (microscope a
fluorescence), faisceau d’electrons (microscope electronique a transmission ou a balayage) ou
source laser (microscope confocal a balayage laser).
Le pouvoir separateur du microscope va de 0,2 ?m pour le MO a 0,2 nm pour le ME. L’observation
microscopique requiert une bonne connaissance de l’echelle des grandeurs : le diametre d’un globule
rouge (environ 7,5 ?m) et l’epaisseur d’une membrane plasmique (environ 7 nm) sont des references
courantes.
Associee a l’observation au microscope, la photographie et le cinema permettent de conserver les
images. La video permet actuellement d’exploiter au mieux l’information visuelle : l’image peut
ainsi etre observee, communiquee, mesuree, archivee, editee. Les signaux, captes par un detecteur,
peuvent etre transmis a un systeme informatique pour etre analyses, amplifies et/ou numerises. La
numerisation des images permet leur stockage, leur archivage et leur transmission a distance par
Materiel et methodes de l’histologie medicale. b) La cytometrie en flux permet d’exploiter des images sans les regarder
Elle s’applique a l’analyse de cellules en suspension (naturellement, comme les cellules sanguines
ou dissociees a partir de tissus). Les cellules mises en suspension dans un flux liquidien passent
rapidement une a une devant un faisceau laser. Le cytometre en flux permet de mesurer la taille des
cellules, leur granularite ou l’intensite d’un marquage cellulaire par un fluorochrome. Cette technique
est aussi utilisee pour quantifier l’ADN (par exemple pour l’etude du cycle cellulaire, ou la
detection d’anomalies dans une population de cellules tumorales). Elle permet egalement de detecter,
de separer et de collecter des populations cellulaires specifiques apres marquage.
Il ne suffit pas d’observer les images produites par les microscopes, encore faut-il les interpreter.
L’interpretation donne une signification aux images observees, detecte la presence d’une structure,
d’une molecule, d’une fonction chimique et permet de les localiser dans la cellule, le tissu, l’organe
ou l’organisme. L’interpretation est basee sur des processus de reconnaissance de formes, de contrastes,
de couleurs, souvent combines de facon peu dissociable dans des processus de reconnaissance
plus globale de « formules », de « patrons ». Parmi les difficultes d’interpretation, les plus
elementaires tiennent aux incidences de coupe et aux artefacts.
Les incidences de coupe
Les images observees sont situees dans un plan ; elles font partie d’un monde imaginaire a deux
dimensions, a partir duquel il faut restituer le monde reel a trois dimensions. Dans certains cas, on
oriente le bloc par rapport au plan de coupe, mais le plus souvent les structures sont coupees selon
une incidence due au hasard.
Les artefacts
Il faut se mefier des artefacts, images artificielles creees par la technique. Dans une preparation histologique
de routine, il peut exister des artefacts de prelevement (pinces, ciseaux, coagulation, gelures),
de fixation (dessechement, retard de fixation, fixateur trop ou trop peu concentre),
d’inclusion (vides artificiels dus a la retraction des cellules ou des tissus), de coupe (stries de rasoir,
coupes trop epaisses ou trop minces), de collage (decollements, plis et replis de la coupe), de montage
(bulles d’air entre la lame et la lamelle), de coloration (empatements, depots, taches de colorant).
Les deformations des images
Dues a des imperfections des moyens optiques d’observation, comme les aberrations de sphericite
Materiel et methodes de l’histologie medicale.
Le projet BIoIMAGe regroupe deux thematiques de recherche autour de l’imagerie et de la modelisation medicale d’une part et de l’analyse genetique et de la biologie informatique d’autre part. L’idee de ce regroupement de projets initialement distincts est motivee par la proximite des thematiques qui relevent du domaine la modelisation du vivant, par les synergies qui en decoulent et par la volonte de l’economie des moyens, en particulier humains.